基因测序
基因测序是一种新型基因检测技术,能够从血液或唾液中分析测定基因全序列,预测罹患多种疾病的可能性,如癌症或白血病。
基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用,目前在众多保健及医疗机构和体检中心,都打出基因测序的广告,但其使用的基因测序仪及相关诊断试剂和软件,很多没有经过医疗器械的注册审批。对此,国务院有关部门高度重视。2014年2月,中国国家食药监管总局、国家卫计委联合发出通知,要求在相关准入标准、管理规范出台以前,任何医疗机构不得开展基因测序临床应用;已经开展的,要立即停止。
技术原理
基因测序技术能锁定个人病变基因,提前预防和治疗。
自上世纪90年代初,学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的基因,然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。
虽然这种方法检测可靠,但是价格不菲也是有目共睹的,一台仪器的价格大约在50万到75万美元,而检测一次的费用也高达5千到1万美元。
的基因测序仪中,芯片代替了传统激光镜头、荧光染色剂等,芯片就是测序仪。
通过半导体感应器,仪器对DNA复制时产生的离子流实现直接检测。当试剂通过集成的流体通路进入芯片中,密布于芯片上的反应孔立即成为上百万个微反应体系。
这种技术组合,使研究人员能够在短短2小时内获取基因信息。而使用传统的光学测序技术需等待数周乃至数月后才能得到结果。同时,检测一次的费用也降到了1千美元。
操作设备
过长的测序周期以及上万美元的仪器成本,成了阻碍基因测序进入寻常百姓家的障碍。而运用新技术的基因测序仪大大降低了基因组测序的门槛,使得更多研究人员能够使用这项技术开发多种应用。
总部位于美国加州的生命技术公司(Life Technologies),最近正在中国推出台式基因测序仪Ion Proton,并称这款产品可在一天时间内完成个人全基因组测序。这意味着基因测序技术有望走进临床实践,普通老百姓也能得知自己的基因序列。 但是,这款产品还未获得FDA(美国食品及药物管理局)和SFDA(中国国家食品药品监督管理局)的权威认证,其具体作用还有待检验。
主要功能
基因测序只是基因检测的方法之一,其又叫基因谱测序,是国际上公认的一种基因检测标准。
基因测序广为人知的还有针对唐氏综合征筛查的无创产前基因检测。只需要孕妇5毫升血,通过化验血液中甲型胎儿蛋白(AFP)、人类绒毛膜促性腺激素(β-hCG)的浓度,就可以算出胎儿出现唐氏综合征的危险性。
最近公众关注的H7N9,就是中国科学家通过基因测序等技术手段,发现的一种新型重配禽流感病毒。
近年间,基因测序从实验室走入临床,甚至逐渐成为全球医学界热门的话题。其中一个很重要的原因,是“名人效应”,苹果公司创始人乔布斯和影星安吉丽娜·朱莉都曾采用基因测序方法希望抵御癌症的侵袭,朱莉还为此预防性地切除自己的乳房。乔布斯虽然仍因癌症去世,但他生前接受的全基因测序,已成为很多国家富人追捧的高端体检服务。
应用领域
英国伦敦大学学院和美国罗格斯大学的联合研究团队,将基因测序技术和超级计算机技术相结合,试图探索解决这一命题。研究人员把艾滋病(HIV)蛋白酶分子作为对象,酶在不同人体中形状略有不同,尤其是在蛋白质活动区,在那里酶完成切片并构成了下一个病毒,进而形成特定的病毒基因序列。如果知道了酶的形状,就可以找到相应的药物来阻止这一过程。研究人员通过模拟人体中不同形状的艾滋病病毒感染的关键蛋白质,演示了由计算机优化给出的多种艾滋病治疗药物疗效的排序清单。英国伦敦大学学院的皮特.柯文尼教授称:“有可能通过病人的基因组序列,推断出酶的形状,构建准确的蛋白质三维结构,筛选匹配药物,并将结果告诉主治医生给出处方。”目前,研究团队已采用这一思路,对市场上在用的9种艾滋病治疗药物中的7种进行了排序验证。
科学家表示实际工作远比看起来复杂。目前他们建立的50多个模拟模型,就要配有5000个处理器的计算机不停的计算12-18个小时,还要对计算结果做大量的数据分析,才能给出药物的排序。今天的通用计算机技术很难胜任这样的工作,乐观的看,依当前计算机技术发展速度看,也许十年后真能实现计算机为病人“抓药”。